床暖房とエアコンの比較について検索すると、次のページが上位に出てきます。しかしよく見ると、このページを作成しているのは、Rinnai です。床暖房が良いという結論ありきなのは見え見えです。
西方里見氏の著書『最高の断熱・エコ住宅をつくる方法』によると、「床暖房は高性能住宅には不要」との記述があります。私も概ね同意見で、床暖房は好きですが、高断熱住宅であれば、床暖房にするメリットはあまりないと考えます。
高断熱住宅での床暖房を否定するわけではありませんが、コストや効率を考えると、エアコンで十分だと思います。この本の説明とは若干異なりますが、どういうことなのか私見を述べたいと思います。
床暖房と体感温度
体感温度は、床面の温度と室温の平均になるそうです(参考)。室温が低くても、床面温度が高ければ、体感温度は高くなるということです。逆に、室温が高くても、床面温度が低ければ、体感温度は低くなります。
高断熱でない一般的な住宅では、エアコンで暖房していても、床面温度が室温より低くなるため、体感温度が低くなり、快適になりません。そこで床暖房を導入すると、室温が低いままでも床面温度が高くなるため、体感温度が上がり、とても快適になります。ただしコストが問題で、家中に床暖房を設置するとなると非常に高くつくため、リビングのみなど、一部で採用することが一般的です。
高断熱住宅の場合
高断熱住宅では暖房に必要なエネルギーが少なくて済むため、家中に床暖房を設置することもできます。高断熱住宅に床暖房を採用する場合、床面温度のほうが室温より高くなるため、室温を低くしても快適な体感温度が得られるというメリットもあります。また、全館床暖房にするなら高断熱が必要、という意見に異論はありません。
しかし、高断熱住宅ではそもそも、家中の温度差が小さくなるため、室温と床面温度の差がありません。となると、体感温度が過剰に低くなることもなく、身体の冷えが問題になることもありません。それは実体験として言えることで、次の記事で紹介しています。

Q値 1.4 以下(UA 値 0.4 以下)程度の断熱レベルでは、部屋の高低の温度差がほとんどなく、全館冷暖房を行っても電気代が増えないため、エアコンを常時運転する方が効率よく家全体を暖かく保つことができます。
床暖房の方がエアコンより床面温度が温かいのは当然なので、好みの問題もありますが、床暖房にはそれなりのデメリットもあります。
床暖房のデメリット
床暖房の欠点は、初期費用がかかることと、家本体に組み込むために長期的にメンテナンス費用がかかることです。流体、しかも液体を循環させる配管はトラブルが発生しやすく、万が一問題が発生した際は大がかりな処置が必要になり、コストがかかります。不凍液の交換も10年ごとに必要です。エアコンならば、比較的簡単に交換でき、より低コストで高性能な最新式のものに更新することができます。
エアコンでは床が冷たい?
高断熱住宅でも足が寒いので床暖房にすればよかった、という声もありますが、これはエアコンを常時運転しないで付けたり消したりを繰り返しているせいかもしれません。エアコンを切ると家全体の温度が下がります。寒くなったときにエアコンを付けると、空気の温度はすぐに上がるのですが、床や壁などは温まるのに時間がかかるため、床と空気に温度差が発生してしまいます。エアコンを常時運転していれば、床の表面温度と室温が同じになるため、冷たい感じはあまりしません。
わが家は三井ホームの住宅で、エアコンに似た空調システムで全館冷暖房を行っています。裸足で足元からポカポカする気持ちよさを感じることはできませんが、靴下やスリッパ(春夏用)を履けば十分で、冷たく感じることはありません(子どもは裸足です)。断熱性の低い住宅で足の冷えに悩まされた人でも、足の冷えを感じるようなことはないでしょう。
なお、一部の工務店では床下エアコンという方法を推奨しています。体験したことはありませんが、この方式でも維持管理しやすく暖かい足元が実現できそうな気がします。
一条工務店の全館床暖房
一条工務店では全館床暖房を標準装備しているそうですが、エアコンでも十分ではないかと思います。エアコンでは「頭は熱いけど足元は寒い」「部屋の中に温度のムラがある」などのストレスがあり、空気を汚す可能性があるとデメリットを記載していますが、一条ほどの高断熱・高気密であれば、これらは問題にはならないはずです。
床暖房で空気を暖めるには、床の温度を室温より高くする必要があります。一条は高断熱なのでそれほど床面温度を高くする必要はありませんが、それでも、畳の上に布団を敷いて寝る場合には暑すぎるという体験談も目にします(例)。
全館床暖房のランニングコスト(灯油代)は、一条工務店のページに記載されています。青森県で延床面積44.5坪という条件で約1万5000円~約2万1000円とのこと。温暖地ではこの「7〜8割程度」とのことですが、高断熱住宅のエアコン代と比較して特に安いわけではありません。
参考までに、わが家の電気代は次のとおりです(断熱性能は一条よりだいぶ劣ります)。

一条工務店でエアコンのみを採用できるとすれば、ただでさえ高性能な割にコストパフォーマンスが高い一条工務店で、さらに初期費用とメンテナンス費用を下げることができます。iシリーズの性能であれば、消費電力の小さいエアコンを 1F と 2F にそれぞれ冬用、夏用として 2 台設置するだけで十分なのではないでしょうか。一条工務店のエアコン冷暖房については、次のサイトがとても参考になります。
また、断熱性能でやや劣ってもエアコンで冷暖房を行っている、スウェーデンハウスのモデルハウスを見学して話を聞いてみるのもよいかもしれません。
追加記事:【一条工務店】全館床暖房のメリット・デメリット。満足度が高い本当の理由
エアコンの効率や選び方についてはこの本に詳しいです。